Desde hace más de una década, ante el alarmante descenso de la población del águila-azor perdicera en determinadas zonas de España y particularmente en la Comunidad de Madrid, donde la especie está catalogada en "Peligro de Extinción", y tan sólo hay dos parejas reproductoras, GREFA inició en sus instalaciones un programa de cría en cautividad. El programa inicialmente constituyó un núcleo reproductor y reservorio genético, con animales procedentes de Centros de Recuperación de toda España.

Posteriormente ya en el año 2007 cuando se iniciaron las medidas compensatorias por la duplicación de la carretera M-501, este programa se incorporó a los acuerdos suscritos entre la Consejería de Medio Ambiente, FIDA y GREFA para el desarrollo de un Plan de Recuperación de la especie en la ZEPA 56 "Encinares de los ríos Alberche y Cofio". A Partir de ese momento el programa de cría en cautividad se vio reforzado con la incorporación de nuevos ejemplares procedentes de Extremadura, de la Comunidad Valenciana y de Andalucía. Con esta última Comunidad se ha suscrito un acuerdo de colaboración especial para extraer del medio natural pollos de la especie mediante desnide, puesto que en el nido, muere cada año alguno de los pollos por cainismo o predación.

Fruto de esta colaboración se han incorporado 15 ejemplares (5 en el año 2009, 4 en el 2010 y 6 en el presente 2011). Lo que hace que en la actualidad la Comunidad de Madrid cuente con un núcleo reproductor viable, en el Centro de Recuperación de GREFA, compuesto por 13 parejas, alojadas en instalaciones construidas para la reproducción de esta especie amenazada, con la financiación de las Medidas Compensatorias de la citada carretera.

El programa de reproducción comenzó a dar sus frutos en el año 2009 con el nacimiento de 5 pollos, 3 en el 2010 y 4 en este año. No obstante se espera que en los próximos años el número de pollos sea significativamente mayor, cuando un buen número de las parejas del núcleo reproductor consolidado, alcance la madurez sexual.

En el año 2010 se realizó la primera liberación en el mundo de ejemplares procedentes de la cría en cautividad: dos pollos fueron liberados utilizando la técnica de hacking en el Suroeste madrileño. El hacking o crianza campestre consiste en construir un nido en el medio natural e introducir los pollos a una edad en la que éstos no han completado aún su desarrollo (35-40 días) y realizando el aporte de alimento sin que ellos se percaten de la presencia humana para evitar amansamientos o improntas. Al cabo de varias semanas los pollos comienzan sus primeros vuelos en el entorno del hacking en lo que se conoce como "periodo de dependencia", en este periodo siguen reconociendo el nido como punto de alimentación. A medida que los pollos van mejorando la capacidad de vuelo y desarrollando sus aptitudes para la caza, su área de campeo se va haciendo más grande dando paso al "periodo de dispersión juvenil" en el que los ejemplares comienzan a realizar largos trayectos sin necesidad de volver al hacking.

Todo este trabajo de seguimiento se puede realizar gracias a la información que ofrecen los emisores satelitales que llevan a su espalda los ejemplares reintroducidos y que proporcionan datos de las coordenadas exactas donde se localizan.